Web2:ChIP-Seq数据的作用:a:构建物种的epigenome,利用chromHMM将基因组分成一个一个的区域;b:与交互数据 (HiC/chia-pet)联合分析;c:和RNA-Seq联合分析 (chirp-seq)。. 1:预处理,步骤与RNA-Seq的一致,详情见RNA-Seq分析的1、2两步。. 2:比对:DNA数据比对软件用的比较多的是bwa ... Web2.数据处理. 1)trim_galore质量过滤,这一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。. 通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。. 公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的 ...
ChIP-seq分析流程(基于linux系统) - 知乎 - 知乎专栏
WebSep 11, 2024 · 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段。 1.2 ChIP-seq技术原理. 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交 … Web什么是chip-seq. chip-seq是染色质免疫共沉淀-测序, 被用于分析蛋白质与DNA的交互作用,该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点, 如下图是chip-seq的 … chemring advfn
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WebMar 8, 2024 · 一、介绍. ChIP-seq,测序方法. ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),. seq 指的是二代测序方法. 作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况. 原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序. 应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰 … WebMay 7, 2024 · peak差异分析的工具那么多,如何选择?. 对于ATAC_seq, chip_seq等抗体富集型文库而言,peak calling是分析的第一步。. 通过peak calling,可以得到抗体富集的区域,这些区域有对应的生物学功能,在chip_seq中,可以是转录因子结合区或者发生组蛋白修饰的区域,ATAC中对应 ... Web将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。 flights belfast to london city airport